La Facultad inició sus actividades en agosto de 1986 con cuatro licenciaturas: Lengua y Literatura Inglesas, Lengua y Literatura de Hispanoamérica, Historia, y Filosofía; ocupando las instalaciones de la Escuela Preparatoria de la UABC en la colonia Juárez. 

Por su naturaleza y orientación, la Facultad de Humanidades constituye la única alternativa de educación superior en Baja California que ofrece un espacio académico para el estudio de estas disciplinas. Durante sus veinticinco años, ha mantenido su oferta educativa modificándola de acuerdo a las necesidades de su entorno. Por esa razón, en 1990-2, al dejar de tener demanda de nuevo ingreso la licenciatura en Lengua y Literatura Inglesas, en 1991-1 se incluyó la licenciatura en Comunicación. En 1992, durante la gestión del doctor Luis Llórenz Báez la escuela de traslado a su lugar actual: el campus universitario de Otay. 

La Facultad de Humanidades, en el marco de la Reforma Universitaria y de la ampliación de su oferta educativa, incluyó los Programas de Pedagogía dirigidos fundamentalmente a la formación de profesionales de la docencia para atender los niveles educativos básicos (secundarios) y medio superior (preparatoria). Con estos nuevos compromisos, y convencidos de solventar una clara y evidente necesidad de programas educativos que la formación de especialistas en Docencia de la Lengua y Literatura, Docencia de la Matemática y Asesoría Psicopedagógica, demanda la sociedad, se hizo esta propuesta curricular con la formulación de sus planes de estudio en 2004. En agosto de 2009 la Facultad comenzó a ofertar la carrera de Sociología.

Desde sus inicios, la Facultad de Humanidades ha sido foro para la presentación de los académicos, escritores e intelectuales más importantes de México y otros países. En congruencia con la convicción de la UABC de rendir cuentas a la sociedad a la que nos debemos, sus cuatro licenciaturas fueron evaluadas por pares académicos externos, logrando en enero de 2006 que Comunicación e Historia fueran acreditadas como programas educativos de buena calidad por la Asociación para la Acreditación y Certificación en Ciencias Sociales (ACCECISO). En julio del mismo año, Lengua y Literatura de Hispanoamérica y Filosofía fueron reconocidas como programas educativos del nivel uno por el Comité de Educación, Arte y Humanidades de los Comités Interinstitucionales para la Evaluación de la Educación superior (CIEES). Finalmente, las carreras de Docencia de la lengua y Literatura, Docencia de la Matemática y Asesoría Psicopedagógica obtuvieron acreditación del Comité para la Evaluación de Programas de Pedagogía y Educación (CEPPE) en los últimos años, por lo que más del noventa por ciento de su población estudiantil cursa estudios de licenciatura en programas reconocidos por su buena calidad y en proceso de mejora continua. 

La Facultad de Humanidades, gracias al apoyo de las autoridades universitarias, ha retomado los aciertos y ha dado continuidad a los mejores esfuerzos de sus directivos y generaciones de egresados. Por ello, cuenta con una infraestructura adecuada y equipamiento tecnológicamente actualizado para el desempeño de sus funciones. Sus egresados están colocados en las principales instituciones educativas, culturales y medios de comunicación de la región. En 2002, en coproducción con el Centro Cultural Tijuana (CECUT), esta unidad académica produjo dos programas, uno radiofónico (Paralelo Cultural, que se transmitía por Radio Universidad), y otro televisivo (Cultura a cuadro, transmitido por el canal 21 de cable en Tijuana), de los cuales, el segundo continúa siendo realizado semanalmente por estudiantes y profesores de sus ahora ocho licenciaturas. Ambos programas, además de ser la crónica de la vida cultural de Baja California durante el último lustro, constituyen una muestra de la capacidad creativa y técnica de nuestros universitarios.